Рекомбинантный протеин Nef

В любой лабораторной работе независимо от ее молекулярно-генетического уровня остается вопрос, не является ли наблюдаемый феномен чисто лабораторным явлением, в то время как в организме его нет, но есть другое? Уровень работ с реальным клиническим материалом, как правило, не молекулярно-генетический, но более простой и поэтому прямое сопоставление эксперимента с клиникой часто не возможно. Продуктивное взаимное подкрепление результатов наступает лишь в тех случаях, когда общие выводы оказываются конкордантными. В случае с Nef клинические наблюдения пока не пересекаются с экспериментальными, существуют самостоятельно и говорят о следующем. В сыворотках части инфицированных людей, например, в работе Reiss P. et al. [1989] у 72-х из 194 бессимптомных серопозитивных лиц, определяются антитела к рекомбинантному протеину Nef. При этом у большинства (67%) антитела к Nef если уж появились, то персистируют, у 6.8% антитела к Nef сначала регистрируются, затем перестают, и у 5.3% лиц в данной группе антитела к Nef то определяются, то нет. У 2-х из 72 человек антитела к Nef появились раньше, чем наступила так называемая полная сероконверсия, то есть появились антитела к структурным белкам ВИЧ. У одного из семи находящихся под наблюдением сексуальных партнеров серопозитивных пациентов антитела к Nef обнаружены за 12 месяцев до обнаружения антител к структурным белкам ВИЧ. Проблематично, но не исключено, что продукт гена nef экспрессируется в инфицированных клетках раньше других. В этой связи в некоторых англоязычных работах аббревиатура «Nef раскрывается как negative early factor – ранний отрицательный фактор, но это не является общепринятым.
В той же работе Reiss P. et al. отмечают также, что у людей, у которых нет антител к Nef (21 из 86, то есть 20%), несколько чаще наблюдают прогрессию инфекции к клиническому СПИД, а именно в 20% случаев за фиксированный срок наблюдения, чем у лиц, имеющих антитела к Nef (до СПИД прогрессировали 28 человек из 180, то есть 14%).
Ameisen J.C. et al. [1989] исследовали наличие антител к рекомбинантному протеину Nef, а также к 6 синтетическим пептидам из последовательности аминокислот Nef у 17 человек из групп риска в отношении заражения ВИЧ-1, но серонегативных к моменту начала исследования. Эти лица были негативны также по тестам определения в крови вирусных антигенов и высеванию вируса в культуру чувствительных клеток in vitro. Нашли, что у восьми из этих человек методом цепной полимеразной реакции определяется ДНК провируса ВИЧ-1 в мононуклеарных клетках периферической крови. И у этих же 8 человек обнаружены антитела к Nef методами Western blot и радиоиммуноанализа. Кроме того, исследовали во времени одну пациентку, у которой произошла спонтанная серонегативация или обратная сероконверсия, то есть ранее у нее определялись антитела против структурных белков ВИЧ-1, но в какой-то момент перестали определяться. Она была серопозитивна в течение 4.5 месяцев (срок наблюдения) при последовательных анализах. Затем в течение трех месяцев наблюдения у нее перестали выявляться антитела к структурным белкам ВИЧ-1. Однако, цепная полимеразная реакция и реакция на антитела к Nef остались положительными, то есть исчезновение из крови антител к структурным белкам ВИЧ-1 не является признаком исчезновения вируса из организма. Таким образом, хотя группа наблюдаемых лиц невелика, авторы сделали вывод, что антитела к Nef могут быть диагностическим маркером латентной инфекции ВИЧ-1, коррелирующим с результатами ЦПР.
Последние данные о Nef из лаборатории W.Haseltine свидетельствуют о том, что фенотипические свойства Nef, то есть его биологические функции, сильно варьируют у независимых изолятов ВИЧ. Экспериментальные данные в цитируемом сообщении авторы не раскрывают, но их вывод состоит в том, что именно белок Nef может играть критическую роль в детерминации такого свойства ВИЧ как способность инфицировать разнообразные клетки-мишени при малых дозах вируса (low multiplicities of infection) [Haseltine W., 1991].